吉林大學中日聯誼醫院是教育部“985”高校——吉林大學所屬的、國家衛生和計劃生育委員會管的集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。
醫院前身是白求恩醫科大學第三臨床學院。成立于1949年11月，時為中國人民解放軍“長春醫科大學外科學院”。先后經歷了中國人民解放軍第三軍醫大學第三臨床學院、中國人民解放軍第一軍醫大學第三臨床學院、吉林醫科大學第三臨床學院、白求恩醫科大學第三臨床學院時期。1993年7月，醫院主體遷入位于長春市經濟技術開發區的新址。新醫院是由吉林省政府和長春市政府撥地、國家衛計委投資基建、日本政府無償援助價值26億日元先進設備而共同興建的，為紀念中日兩國人民及政府間的友誼，醫院被命名為白求恩醫科大學第三臨床學院（中日聯誼醫院）。2000年6月，吉林大學、白求恩醫科大學等5所高校合并組建新吉林大學，醫院易名為“吉林大學中日聯誼醫院”。
建院60多年來，醫院取得了長足的發展，已形成中心院區（位于仙臺大街126號）、新民院區（位于新民大街829號）、南湖院區（位于南湖新村東街1028號）、開運院區（位于開運街1433號）、空港院區（位于長春市空港經濟開發區）五位一體的格局，總占地面積68.38萬平方米，建筑面積32萬平方米。確立了外科系統、心腦血管疾病診療、微創治療、腫瘤精確放射治療在吉林省乃至東北地區的優勢地位。醫院現有員工3946人，在編人員2080人，聘用人員1866人。在編人員中醫生889人，護士651人，技師130人。其中，主任醫師202人，副主任醫師205人，教授131人，副教授168人，博士研究生導師42人（含兼職導師3人），碩士研究生導師338人（含兼職導師80人）。
醫院現有床位3328張，設有51個臨床、醫技科室。裝備有3.0TMRI、寶石能譜CT、640層螺旋CT、Artis-Zeego機器人式平板血管造影系統、全數字化電子直線加速器、三維數字化C形臂X光機、實時三維心臟超聲影像系統、全自動生化免疫流水線、流式細胞儀等先進診療設備千余臺（套）。
醫院是國家衛計委冠心病介入診療培訓基地、心律失常介入診療（導管消融和植入器械）培訓基地、外周血管介入診療培訓基地，國家級消化內鏡培訓中心、國家級皮膚醫療美容示范基地。醫院被國家衛計委、聯合國兒童基金會、世界衛生組織評定為“愛嬰醫院”，是國家衛計委國際緊急救援中心網絡醫院，國家藥物臨床試驗研究機構，是吉林省國家緊急救援培訓鑒定中心、緊急救援定點醫院。此外，吉林省和吉林大學的一些醫療、科研機構設置于此，如吉林省外科研究所、吉林省創傷骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖醫學研究所、吉林省介入放射學研究所；吉林省腎臟移植與血液凈化研究中心、吉林省醫學影像工程技術研究中心；吉林省創傷骨科治療中心、吉林省人工關節治療中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科醫療質量控制中心、吉林省風濕科醫療質量控制中心、吉林省消化內科醫療質量控制中心、吉林省醫學影像科醫療質量控制中心、吉林省麻醉科醫療質量控制中心、吉林省臨床輸血科醫療質量控制中心；吉林省甲狀腺疾病多學科診療中心；吉林大學前列腺疾病防治研究中心、吉林大學手外科疾病診療中心、吉林大學角膜移植中心、吉林大學乳腺甲狀腺外科疾病診療中心、吉林大學肝膽胰外科疾病診療中心等。
醫院神經病學是國家重點學科單位；骨科學、耳鼻咽喉-頭頸外科學是國家衛計委重點建設學科；手外科、泌尿外科、醫學影像科、風濕免疫科是國家臨床重點專科；內科學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、臨床檢驗診斷學、影像醫學與核醫學是吉林省教育廳普通高等學校重點學科；骨科、消化內科、內分泌科、普通外科、康復醫學科、泌尿外科是吉林省衛計委重點專科。醫院中心研究室是國家中醫藥管理局分子生物學三級科研實驗室。醫院檢驗科是國家衛計委臨床檢驗中心的臨床基因擴增檢驗實驗室。吉林省臨床分子生物學重點實驗室、吉林省風濕免疫重點實驗室、吉林省心血管病重點實驗室、吉林省消化系病重點實驗室、吉林省創傷骨科重點實驗室、吉林省人工關節外科重點實驗室、吉林省泌尿系腫瘤重點實驗室、吉林省整形外科重點實驗室、吉林省耳鼻咽喉－頭頸外科重點實驗室、吉林省醫學影像重點實驗室設在醫院，普外科為吉林省衛計委普外科重點實驗室單元。醫院主辦的《中國實驗診斷學》雜志是中國科技核心期刊。
醫院同時作為臨床教學醫院——吉林大學臨床醫學院第三學院，設有19個教研室，承擔著臨床醫學專業本科生、留學生教學任務。醫院是臨床醫學專業博士、碩士學位試點單位，擁有博士學位授權專業16個，碩士學位授權專業34個，臨床醫學博士后科研流動站1個。醫院重視學科建設及人才培養，堅持人有專長、科有特色、......
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