余波領導的課題組已參與完成包括國家自然科學基金項目和上海市科委基礎重點項目等多項課題，在國際上首先證明平滑肌細胞是血管內膜增生的間質效應細胞，也首次將低頻電刺激引入干細胞移植治療肢體缺血。2003年在著名血管外科雜志J Vascular Surg 發表論文在國際上首次報道頸動脈硬化斑塊的雙腔癥；《低閾電刺激輔助間充質干細胞移植治療下肢動脈慢性缺血癥》獲教育部回國人員項目資助；2009年主持上海市科委重點基礎項目《絲素覆膜材料表面微觀形貌對支架成形術后受損血管內皮細胞再生修復的影響機制研究》；2011年主持上海市浦東新區衛生系統領先人才基金項目《缺血性腦卒中的超早期外科干預優選方案臨床研究》。目前余波領導的臨床和學術團隊中既有如薛光華教授這樣老一輩的醫學大家，也有留學歸國的中青年骨干力量，更有一批富有朝氣的博士、碩士研究生，并已與復旦大學上海醫學院分子醫學教育部重點實驗室副主任馬端教授和復旦大學先進材料系邵正中教授形成了科研學術協作團隊，緊密合作，優勢互補，成果共享，探索出以一條產學研為方向的科技創新之路。近年來余波作為第一作者或通訊作者在歐美及國內重要學術刊物上發表文章30余篇，并參加《實用外科學》等多部專著的編寫工作。2004年起華山醫院血管外科被衛生部授權負責主持唯一一個國家級頸動脈硬化狹窄外科治療的繼續醫學教育學習班并進行手術演示，至今（2015年10月）已舉辦12屆，為全國培養了一批頸動脈手術的專門人才。并連續主辦八屆上海國際頸動脈外科論壇并擔任大會主席，邀請全世界范圍內最著名的頸動脈外科學界專家進行學術交流及手術直播，已在國際上已具有一定的影響力。曾多次在國內外血管外科學術會議上擔任大會、分會主席并發表學術演講。

擅長頸動脈內膜切除術及支架成行術預防缺血性腦卒中，對胸、腹主動脈瘤、下肢動脈硬化閉塞、外周靜脈病變及腎衰患者透析血管通路的建立和修復等血管病的診療有著豐富的臨床經驗。