深圳市兒童醫院胸心血管外科是深圳市最大的兒童心血管疾病、外周血管疾病及普胸外科疾病診療中心，擁有床位39張。科室現有醫生13人，主任/副主任醫師6人，均為研究生學歷，其中博士4人。常規開展的診療工作包括：普胸外科疾病的產前/產后診治工作；先天性心臟病產前/產后診治（詳見先天性心臟病專業介紹）；血管疾病介入治療（詳見介入專業介紹）。 其中胸外科專業是華南區最早開展兒童胸外科疾病診療工作的中心之一，是深圳唯一的兒童胸外科專業科室，是國內最早開展兒童胸腔鏡微創手術的中心之一，胸外專業與國內外同專業交流協作密切，是中華醫學會小兒外科學分會普胸協助組委員單位。診治漏斗胸、雞胸、肺囊腺瘤、隔離肺、膈疝、膈膨升、肺大泡、氣胸、食管裂孔疝、胸部腫瘤（縱隔腫瘤、肺部腫瘤、胸壁腫瘤）、胸壁腫物/包塊、食管狹窄、食道閉鎖、賁門失遲緩等兒童胸外科全系列疾病，擅長胸腔鏡及腹腔鏡微創手術，腔鏡微創治療為治療特色，并處于國內先進水平。

診治兒童先天性心臟病及漏斗胸、雞胸、肺囊腺瘤、隔離肺、膈疝、膈膨升、肺大泡、氣胸、食管裂孔疝、胸部腫瘤（縱隔腫瘤、肺部腫瘤、胸壁腫瘤）、胸壁腫物/包塊、食管狹窄、食道閉鎖、賁門失遲緩等兒童胸外科全系列疾病，擅長胸腔及腹腔鏡微創手術，腔鏡微創治療為治療特色，并處于國內先進水平。